V tomto díle se přesuneme do San Francisca a chopíme se nového hrdiny, kterým je Afroameričan Marcus Holloway. Stejně jako Aiden je to talentovaný hacker a člen skupiny DedSec, ale na rozdíl od protagonisty prvního dílu to není vlk samotář, ale spoléhá se na týmovou práci. Ve srovnání s prvním dílem bude také mnohem obratnější a ohánět se dokáže různými podomácku vyrobenými zbraněmi.
K dispozici má Marcus řadu nových hraček v čele s dronem a dálkově ovládaným vozítkem. Vývojáři slibují, že tentokrát budeme doslova moci hackovat celý virtuální svět, ne jen vybrané cíle a zařízení. Ovládnout můžete každý mobil v každé kapse, každý automobil v ulicích San Francisca. A vše podřídíte vlastnímu cíli. Watch Dogs 2 můžete hrát čistě akčně, stealth způsobem i projít hrou výhradně za pomoci využívání hackerských dovedností.
Rozšíří se i možnosti multiplayeru, zejména o kooperaci. Ostatní hráči budou údajně přirozenou součástí stejného světa jako vy a ve srovnání s prvním dílem se mají více setřít hranice mezi singlem a on-line hrou.
San Francisco je dalším městem, které se podobně jako předtím Chicago svěřilo do péče technologie ctOS 2.0. Marcus není jen tak ledajaký hacker, ale pohání jej ideály a přesvědčení, že jde o nebezpečný nástroj, který je třeba sprovodit ze světa. Kromě zmíněných aut nebo mobilů a dřívějších samozřejmých rekvizit, jako jsou kamery, dokáže Marcus na dálku řídit třeba také bezpečnostní roboty, jeřáby nebo různé mechanismy a využívat je ve svůj prospěch.
Pokud zvolíte stealth či hackovací přístup, nemusíte se dostat do žádné přestřelky nebo přímo nikoho usmrtit. To ale neznamená, že se Marcus nedokáže ohánět i střelnými zbraněmi. Naopak připomíná svými svižnými pohyby, parkourovou akrobacií a rychlou akcí mnohem víc Assassina než Aidena, který nebyl co do fyzické kondice zdaleka tak flexibilní.
Autoři hráče lákají také na obrovský svět, který bude “skutečně” žít. Když se zastavíte a rozhlédnete se kolem sebe, máte mít možnost pozorovat obyvatele, kteří se chovají jako skuteční lidé, a běžný cvrkot na ulici, kde se stálo něco děje.
Vývojáři přepracovali model řízení, a tak by měl Marcus ve výsledku působit jako mnohem schopnější řidič, než Aiden kdy byl. Ubisoft popisuje San Francisco ve Watch Dogs 2 jako divoký západ v IT světě, kde se každý snaží díky technologiím získat peníze či moc. Marcuse ale pohání především touha očistit své jméno, protože byl obviněn ze zločinu, který nespáchal.